故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“ABaoAQu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战功夫熊猫之盖世五侠的秘密。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。